Birinci Dönem Kazılar: Fransız Arkeolog Falix Sartiaux tarafından 1913-1920 yılları arasında yapılmıştır. Kentin 1/5000 ölçeğindeki haritasını yapan Sartiaux yarımada üzerinde ve Foça'nın değişik yerlerinde 15 adet kazı gerçekleştirmiştir.

İkinci Dönem Kazılar: Ord.Prof.Dr. Ekrem Akurgal başkanlığında yapıldı. Akurgal, 1952'den 1956'ya kadar sürekli, 1974 yılına kadar da aralıklı olarak Foça'da çalıştı. Kazılar Athena Tapınağı'nda yoğunlaştı. Athena Tapınağı, ortaokul binasının arkasındaki kayalık üzerinde bulunuyordu. Kazılarda, Phokaia'nın Arkaik dönem (İ.Ö.7-6.yy) yerleşmesine ve Athena Tapınağı'na ait buluntular ortaya çıkarıldı.

Üçüncü Dönem Kazılar: Uzun bir aradan sonra Prof.Dr.Ömer Özyiğit tarafından 189 yılında başlatıldı. 1989-1990 yıllarında seramik atelyeleri, 1991'de Antik Tiyatro, 1992'de Arkaik Sur (Heredot Duvarı), 1993'te Kybele Açıkhava Tapınağı ve Roma Dönemi mozaikleri 1996'da yine mozaikler bulundu. Ayrıca Foça'nın Arkaik dönemine ait tam plan veren en eski tek yapısı Megaron ortaya çıkarıldı. Foça Kazı Başkanlığı'nca kazılarda çıkan bazı malzemelerin (seramin, çanak, çömlek, çatı kiremiti, amphoralar) restorasyonu ve çizim çalışmaları sürüyor.